يستهدف برنامج التمويل في سكرتاريا حقوق الانسان والحكم الصالح مؤسسات حقوق الانسان والحكم الصالح الفلسطينية والاسرائيلية العاملة في الأرض الفلسطينية المحتلة، التي تعمل من اجل تعزيز ودعم ومراقبة وحماية حقوق الانسان والحكم الصالح. يتم اختيار المؤسسات المستفيدة من المنح بشكل تنافسي استنادا الى معايير الاستحقاق والارشادات التي وضعت من قبل المانحين، وبعد اجراء عملية تقييم دقيقة ومفصلة يتم بناءا عليها اختيار المؤسسات المستفيدة، حيث يعود القرار النهائي حول جميع المسائل المتعلقة بالسكرتاريا الى المانحين.
مركز تطوير المؤسسات الاهلية الفلسطينية هو آلية تقدم دعم المانحين المنسق والمبرمج للمؤسسات الاهلية، وبالتالي يعمل على زيادة فرص التمويل مع ضمان تكامل الادوار بين المنظمات غير الحكومية وعمل السلطة الوطنية الفلسطينية. يدعو مركز تطوير المؤسسات الاهلية الى تعزيز اكبر قدر من الشفافية والمساءلة في عمل المؤسسات الاهلية من خلال اعتماد المهنية في الطبيقات المالية والادارية. يشجع مركز تطوير التنسيق على مستوى القطاع الاهلي ككل وتبادل الخبرات حول افضل الممارسات، ويعمل كذلك على تقوية العلاقة ما بين المؤسسات الاهلية وشركاء التنمية. يلتزم مركز تطوير في عمله بأعلى المعايير الدولية في المهنية والتميز والشفافية.